本標準保留了大腸菌群指標，新增了銅綠假單胞菌指標，不再保留菌落總數、霉菌和酵母計數、金黃色葡萄球菌、沙門氏菌及志賀氏菌指標。
菌落總數、霉菌、酵母屬于衛生指示菌，一般情況下不會影響公眾健康，而過度控制衛生指示菌和殺菌可能導致飲用水中溴酸鹽含量升高，構成健康風險。目前，國際食品法典委員會（CAC）、國際食品微生物標準委員會（ICMSF）、國際瓶裝水協會（IBWA）、美國、澳大利亞和歐盟等相關標準法規中，未對包裝飲用水設立衛生指示菌指標。我委正在組織起草《食品安全國家標準 包裝飲用水生產衛生規范》，將通過生產加工過程控制，加強對衛生指示菌的監測和管理。因此，本標準不再保留上述指標。
依據飲用水檢測結果和CAC、ICMSF及我國相關標準，本標準保留了大腸菌群指標，增加了條件致病菌——銅綠假單胞菌（又稱綠膿桿菌）指標。由于國際上沒有飲用水中金黃色葡萄球菌、沙門氏菌及志賀氏菌指標，且尚無充分科學依據，本標準不再保留。
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